Les maladies virales émergentes représentent une menace croissante pour la production maraîchère à l’échelle mondiale. En Europe et au-delà, deux agents pathogènes sont devenus particulièrement préoccupants : le virus du fruit rugueux brun de la tomate (Tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV), qui affecte gravement les cultures de tomate, et le virus de l’enroulement foliaire de la tomate de New Delhi (Tomato leaf curl New Delhi virus, ToLCNDV), transmis par les aleurodes et responsable de dégâts importants chez les cucurbitacées. Alors que ces maladies continuent de franchir les frontières, la mise en place de stratégies de gestion durables est devenue essentielle pour préserver la productivité des cultures et la sécurité alimentaire. Afin de répondre à ce défi, le projet Horizon 2020 VIRTIGATION a réuni un consortium international composé d’universités, d’instituts de recherche, d’entreprises de sélection variétale, de services de conseil agricole et de partenaires industriels, dans le but de développer des solutions innovantes pour surveiller, comprendre et gérer ces maladies virales émergentes. 

Le projet a adopté une approche globale combinant innovation scientifique et mise en œuvre pratique. Ses activités s’articulent autour de six objectifs principaux : associer les parties prenantes à la co-construction de solutions, développer des outils de diagnostic innovants, améliorer notre compréhension des interactions entre les plantes, les virus et leurs vecteurs, étudier l’impact du changement climatique sur la propagation des maladies, mettre en œuvre des stratégies intégrées de gestion des virus et de leurs vecteurs, et renforcer le transfert de connaissances tout au long de la chaîne de valeur agricole. 

L’une des caractéristiques majeures de VIRTIGATION a été l’importance accordée à la participation des parties prenantes. En 2025, le consortium a organisé neuf événements destinés aux parties prenantes en anglais, français, espagnol, allemand et néerlandais, réunissant plus de 510 participants venus de toute l’Europe. Ces événements ont permis aux chercheurs, producteurs, conseillers et représentants de l’industrie d’échanger leurs expériences, de discuter des difficultés rencontrées sur le terrain et d’identifier les priorités pour la gestion future de ces maladies. 

La diffusion des connaissances a largement dépassé le cadre des réunions traditionnelles. Une série de webinaires multilingues a abordé des thèmes tels que la protection intégrée des cultures, la protection croisée à l’aide d’isolats viraux peu virulents, la lutte contre les aleurodes, le changement climatique et les menaces liées aux virus émergents (Page Youtube : @virtigationproject). Le projet a également produit des podcasts, des vidéos et des résumés pratiques qui ont touché des milliers de personnes, rendant ainsi les résultats scientifiques accessibles aux producteurs et aux autres parties prenantes. Les activités de communication du projet ont également bénéficié d’une portée internationale, avec des parties prenantes inscrites issues de 27 pays, ce qui montre que les défis traités par VIRTIGATION sont véritablement mondiaux. 

L’une des avancées scientifiques les plus importantes du projet a été le développement de technologies avancées de séquençage des virus. Les chercheurs ont mis au point des protocoles de séquençage à longues lectures utilisant la technologie Oxford Nanopore, capables de reconstruire rapidement des génomes viraux complets, à un coût inférieur à celui des approches conventionnelles. Ces méthodes offrent un débit analytique considérablement plus élevé, tout en permettant la détection de génomes viraux complets, de variants présents à faible fréquence et de composants génomiques partiels souvent non détectés par les diagnostics traditionnels. Associées à la plateforme d’analyse Genome Detective (www.genomedetective.com), ces technologies permettent une classification phylogénétique rapide des isolats viraux et fournissent un niveau de détail sans précédent pour suivre l’évolution des virus et les foyers épidémiques. 

Ces outils innovants ont déjà permis d’obtenir des informations précieuses sur l’épidémiologie des deux virus ciblés. Pour le ToLCNDV, les analyses phylogénétiques ont montré que les populations virales françaises provenaient très probablement d’Espagne, ce qui soutient l’hypothèse d’une progression du sud vers le nord le long du littoral méditerranéen. Par ailleurs, la présence de groupes génétiques distincts parmi les isolats français indique que le virus est entré en France à la suite de plusieurs événements d’introduction indépendants, plutôt que par une invasion unique. Ces informations sont essentielles pour améliorer la surveillance et prévenir de futurs foyers épidémiques. 

Pour le ToBRFV, le séquençage de populations virales collectées en Belgique et en France a permis aux chercheurs de reconstituer les voies de transmission et de suivre la propagation de différentes lignées virales. De manière surprenante, les populations virales échantillonnées chez les mêmes producteurs entre 2021 et 2025 ont présenté une stabilité génétique remarquable. Ce résultat suggère que les foyers actuels sont alimentés par des populations virales stables, qui restent néanmoins capables de contourner les résistances introduites dans des variétés récentes de tomate. Il souligne donc la nécessité d’une surveillance continue et du développement de nouvelles stratégies de résistance. 

La sélection de variétés résistantes reste l’une des approches les plus durables pour lutter contre les maladies, et VIRTIGATION a réalisé des progrès importants dans l’identification de nouvelles sources de résistance. Les chercheurs ont découvert cinq accessions sauvages de tomate présentant une résistance au ToBRFV, dont une accession totalement résistante. Les analyses génétiques ont associé cette résistance au locus Nr1, fournissant aux sélectionneurs des cibles prometteuses pour développer des variétés de tomate présentant une résistance plus durable. 

Le projet s’est également intéressé à la résistance à l’aleurode Bemisia tabaci, l’insecte vecteur responsable de la transmission du ToLCNDV. Le criblage de plus d’une centaine d’accessions de concombre, combiné à des analyses par séquençage à longues lectures et à des analyses transcriptomiques, a permis d’identifier une variation structurale associée à des gènes candidats de résistance. Ces résultats constituent des étapes importantes vers une réduction de la transmission virale grâce à une amélioration de la résistance de la plante hôte.

En intégrant la génomique de pointe, des diagnostics innovants, la surveillance épidémiologique, la sélection pour la résistance et une mobilisation étendue des parties prenantes, VIRTIGATION a établi des bases solides pour une gestion durable des maladies virales émergentes. Au-delà des avancées scientifiques, le projet a renforcé la collaboration entre les chercheurs, l’industrie et les producteurs, afin que les nouvelles connaissances puissent être rapidement transformées en solutions pratiques. Alors que les maladies virales continuent de menacer la production maraîchère dans un contexte de changement climatique, les innovations et les partenariats mis en place dans le cadre de VIRTIGATION contribueront à rendre la production de tomates et de cucurbitacées plus résiliente et plus durable en Europe et au-delà.